¿Qué es mejor, compilar o usar yum/apt?

• Necesitamos tener instalada una versión reciente de la aplicación, y tener la opción de actualizarla en el momento que una nueva versión o parche de seguridad aparezca.
• Necesitamos poder personalizar al 100% la aplicación. Compilando puedes definir una gran cantidad de parámetros, configuraciones y módulos. Esta flexibilidad te permite adaptar la aplicación a tus requerimientos. Los paquetes utilizados por los gestores de descargas añaden el mayor número de extras posibles para una mayor aceptación general.
• No nos importa perder un poco de tiempo al principio (durante la instalación), ya que se requiere más tiempo que la instalación de un paquete precompilado (escasos segundos).
• Probablemente lograremos un mejor rendimiento ya que adaptamos la aplicación a nuestros requerimientos.

• Necesitamos hacer la instalación de forma rápida y sencilla. Los paquetes precompilados .rpm, .deb, etc se instalan en escasos segundos y automáticamente buscan las dependencias de cada paquete para evitar tener que instalarlas de forma manual como pasaría con la compilación.
• No es crítico disponer de la última versión de la aplicación. Los repositorios por lo general no se actualizan a la misma velocidad que salen nuevas versiones (ni por asomo), por ejemplo RHEL y CentOS actualmente tienen en su repositorio la versión 5.1.6 de PHP y la estable es la 5.3.6.
• Instalar el paquete precompilado no te permitirá personalizar la instalación del mismo como puedes hacerlo compilando. Normalmente se peca de exceso y se añaden módulos y extras en las aplicaciones que probablemente no necesites.
• Siguiendo con el punto anterior, ese exceso de extras puede provocar peor rendimiento que el que te da la instalación por compilación ya que no has podido reducir el peso de la instalación o adecuarlo a tus necesidades.